1856年(咸丰六年)上半年，清军江北大营和江南大营被太平军击溃，企图围困天京城的计划落空，在对付天京外围以及西征的太平军上，也屡战屡败。同年6月，太平天国已据有长江中下游江苏、安徽、江西、湖北等省的23个府州，进入军事上的鼎盛时期。正在太平军转入反攻大好形势的时候，震惊中外的“天京事变”发生了。
东王杨秀清被胜利冲昏了头脑，准备杀洪秀全而夺其位。据王庆成《天父天兄圣旨》描述，同年8月15日，杨秀清托天父下凡，说：“秦日纲帮妖，陈承王容帮妖，放火亮烧朕城了矣，未有救矣。”中午，天父又下凡，召洪秀全至东王府，说：“朝内诸臣不得力，未齐敬拜帝真神。”谁知，却被佐天侯陈承王容向洪秀全告密，两人还自告奋勇请求扫除奸党。洪秀全随即下密诏，召韦昌辉、石达开、秦日纲回京除杨秀清。第一个回到天京的，是杨秀清认为已经“帮妖”而近在丹阳的秦日纲。据朱学勤，等《剿平粤匪方略》载，两江总督怡良奏称：“伪北王韦逆由丹阳败回金陵，杨逆闭门不纳，逆首洪秀全开门放进，因此起衅，互相残杀。”汪士铎《胡文忠公抚鄂记》又记载，自七月二十六日起，金陵城内“贼首”互相残杀。
9月1日，韦昌辉带领三千人回到天京。据当时从天京城内出来的人所说：“韦至洪处，先遣伪北殿承宣某贼往传杨逆来洪处议事，杨怒不往，并将其贼使缚于厅柱，用炮轰毙，一面令伪东殿尚书傅学贤率东党众贼扎于汉西门大街以待北贼。（中国史学会《太平天国》）”
韦昌辉、秦日纲等各自率军包围杨秀清的王府，“屋墙高且坚，并环列铁炮，不能入。有伪顶天侯者(秦日纲)勇而捷，距跃先登，众继之，遂入，获秀清伏壁中，家属数百人，悉除无遗”（太平天国历史博物馆《太平天国史料丛编简辑》）。又“韦贼出东巢，与傅贼巷战三日，随有杨逆之族伪国宗兄杨xx与傅贼会合，自峨嵋岭扎营至虎贲仓，洪逆与韦贼亦扎营于小茔、大行宫一带。（中国史学会《太平天国》）”
就这样，年仅三十六岁的杨秀清被杀了。死后，不仅被“枭首通衢”示众，还被贬为“东孽”。为了“清除”杨秀清“流毒”，太平天国到处张贴告示，称他“窃据神器，妄称万岁，已遭天殛”（中国史学会《太平天国》）。据钟文典《太平天国人物》载，左宗棠也认为：“杨逆之遭屠戮，乃必然之势，已作贼首而上制其所谓天王者，下凌其所谓四王者，亦何恃而不遭屠戮耶?韦、石两贼及洪贼将甘心于老贼者久矣。”
杨秀清虽死，但其旧部还在，与洪秀全、韦昌辉、秦日纲一方相持不下。于是，韦昌辉再出一“损招”：由天王洪秀全下诏，说东王杨秀清逆谋是自天泄露的，除东王外，其他人一概赦免；而韦昌辉、秦日纲多杀无辜，违背天王原意，应受笞四百，命令众人到天王府观刑。
于是，杨秀清旧部五六千人，按时前往，被骗解除武装后，全被杀害。当时住在天京城内的秦上儒说：“杀杨秀清之时，贼党大哄，连日嚣争血斗，自相残害，不以官军为意。（太平天国历史博物馆《太平天国史料丛编简辑》）”又据朱学勤，等《剿平粤匪方略》载，城外的人，在八月二十五六等日，“见有长发尸骸不可胜计。由观音门口内漂流出江，内有结连缚及身穿黄衣、黄褂者”。又据汪士铎《乙丙日记》载：“守安庆的右四检点张姓，也奉洪秀全的命令，将杨国宗(杨秀清之兄)杀了，并杨姓三人，皆杀之。”
直到十月，仍有人说：“近日见丹阳探报，仍称杨逆党羽与伪北王各扎营盘，在城内开仗。仪凤、太平等数门，伪北王稽查出入甚严。（吴煦档案选编《太平天国历史博物馆》）”又据汪士铎《乙丙日记》载：“金柱关伪尚书雷，守无为之地官丞相，犯丹阳之伪辅天侯卢大荣，守宁国之伪某官曾、邱二姓，皆杨羽党，已皆逃散。……又闻守高淳之伪检点刘亦逃。”
可见，韦昌辉将事态扩大化了，已犯下罪行。对于杨秀清旧部，只要是敢反抗的，都被斩尽杀绝，甚至被认为是潜在的反抗者也被捕杀，而更致命的是，在被杀者当中包括翼王石达开全家。
当时，石达开正在安徽督师，听闻韦昌辉在天京城制造的血腥暴行后，只身“赶回京都计及免杀之事”（《李秀成自述》）。但是，早已杀红了眼的韦昌辉根本听不进石达开的劝告，还将他视为自己通往权力顶峰的最大障碍，欲除之。据张汝南《金陵省难纪略》载：石达开“知有害己意，俟暮缒城出”，逃出天京。之后，韦昌辉将石达开全家杀掉。
石达开第一次是被迫出走天京的，而据《中国第二历史档案馆馆藏档案》所载当时清朝官员的奏折也可看出“端倪”：
1856年10月2日怡良奏称：“奴才查各路探报，有云伪北王韦昌辉由丹阳败回金陵，杨逆闭门不纳，逆首洪秀全开门放进，因此起衅，互相栽杀。又有云八月十五日杨逆向洪逆索取伪印，意图并吞，洪逆将韦逆调回，杀死杨逆及其亲属。伪翼王石达开闻信赶回，与韦逆又起争端。石逆逃赴上江，纠集党与欲图报复。所闻不一，而其内乱则不为无因。
18571月6日曾国藩、文俊奏报说：“自韦昌辉在瑞州战败窜回金陵，被杨秀清斥责，洪、韦二贼谋杀杨秀清，并诛其家族党与，于是石达开自湖北洪山归去，黄玉昆自江西临江归去，并赴金陵，谋为杨秀清伸冤复仇。”
洪秀全、韦昌辉派秦日纲率军于西梁山布防，主要目标就是石达开。石达开集中强大兵力后，即奏请天王，要求取得韦昌辉的头颅，否则，“即将班师回朝，攻灭天京”。其要求，未被立时允准，韦昌辉仍图负隅抵抗。后来，洪秀全鉴于全体军心都归附石达开，才答应了他的要求，命秦日纲将韦昌辉处死，秦日纲即设计将韦昌辉杀死。韦昌辉被杀后，洪秀全即函其头，“启致翼贼，收灭前赏格，召之还”。
秦日纲也派人送信邀石达开回京议事。十月十七日，石达开正在南陵讲道理之际，收到此信，即日前往天京。他到天京以后，于“十一月初一日，石逆复将韦逆之党伪燕王秦日纲，伪佐天侯陈承王容等诛死。城门关闭三月有余”。从此以后，“其率股匪踞陷各处之贼，在外日久，虽系伪东殿名下者，俱未杀，悉改为伪殿前字样，仍令在彼”。咸丰六年十一月，韦志俊因其兄韦昌辉被杀，感觉不安，无心驻守武汉，武汉失守。洪秀全欲治韦志俊失守城池之死罪，后因李秀成力保方免。
三个月的内讧，三万多久经沙场为太平天国立下汗马功劳的将士殒命。要知道，这些都是太平天国的栋梁。此后，韦昌辉取代杨秀清独揽大权。
但是，韦昌辉杀上了瘾，不但没有悬崖勒马，还要挟洪秀全，追杀石达开。很快，倒行逆施的老韦，招来天朝群臣的极大怨恨，异口同声要求诛杀韦昌辉。
很快，在军民的支持下，天王洪秀全挫败了韦昌辉的阴谋。据清代张汝南《金陵省难纪略》载：“一日，率众至洪贼居，请朝，索翼贼，洪惧不敢见。薄暮，陈三千人于洪居前，谓不出翼贼，即火攻，洪乘墉与对垒，枪炮互施，逾时无胜负。……大呼出冲阵。北贼不意其遂出，又见翼旗，谓石果久伏洪所，与同谋，大惊，众遂溃。其先锋某率众趋朝阳门，斩关尽奔出。洪乘胜围北贼居，尽杀其妻小，比晓传令，北贼所属皆不问……三日后……缚送洪，令支解之。”
至此，天京事变结束，而太平天国首义诸王只剩下洪秀全和石达开了。11月底，石达开回到天京，“合朝同举翼王提理政务，众人欢悦”（《李秀成自述》）。天王洪秀全也欢迎石达开归来，晋封其为“义王”。
可此时，由于石达开的才略和声望，使洪秀全产生怀疑和猜忌。为了平衡权力，洪秀全封自己的两个哥哥分别为安王、福王，两人却“又无才情，又无算计，一味古执”（《李秀成自述》），处处企图加害石达开。最终由于与洪秀全之间“彼此暌隔、猜忌日生”，其矛盾已至不可调和的地步，石达开于1857年6月出走天京，率领十几万太平军将士，一路向南、向西进发。
石达开出走后，洪秀全多次派人想去召回石达开。并铸“义王”金印，但石达开拒受金印，誓不返回。
可知，石达开第二次出走天京的原因，首先是为了打消天王疑虑，因为选择此时出走是明智之举，假若继续留在天京，可能再次酿成流血冲突，对天朝革命事业的损失比他出走造成的损害就要大得多。
同年6月9日，石达开率领军队到达安微无为州。据中国第一历史档案馆珍藏清朝福济、郑士魁等人的奏折，称：“兹据无为州在籍教谕征焕等禀称：五月十八日(1857年6月9日)石逆由金陵带其党羽数千，道经该州前往上游，到处张贴伪示，传谕各贼。察其词意，因洪逆疑忌过甚，惧害脱逃。”
而石达开在谈到他出走的原因时指出：是为了避祸，因洪秀全“有谋害达开之意，旋即逃出金陵。（《太平天国》）”石达开在沿途张贴布告，倾吐自己由于遭受迫害而不得不飘然出走的苦衷。告示说：“去岁遭祸乱，狼狈赶天京，自谓此愚衷，定蒙圣鉴明。乃事有不然，诏旨降频仍，重重生疑忌，一笔难尽陈，疑多将图害，百喙难分清。惟是用奋勉，出师再表真，力酬上帝使，勉报主恩仁。惟期成功后，予志复归林。（翦伯赞等主编:《中国通史参考资料近代部分(修订本)》上册）”不仅表现他有苦难言的郁闷，还暗示他要远征，不过对天朝的忠诚丝毫没有动摇，离开天京，只是时运不济。
其次，一些学者认为石达开想杀洪秀全“取而代之”。其实，这也不是没有道理，因为石达开不仅有能力，还有条件。不过，他们忽略了石达开的英雄主义人格。其亲信张遂谋曾劝说石达开吸取韩信被杀的历史教训时，说：“身负震主之威，体兼高人之德，而势在人臣之位”，则“虽欲效股肪之力，竭忠贞之节，其可得乎?”，并向翼王献策“废天王于深宫，诛诸洪于列朝，然后请旨上帝……南面称制”，取代天王洪秀全。但是，石达开却答：“予惟知效忠天王、守其臣节”。可知，石达开不是没有考虑过，只是迫于形势而已，也不符他英雄本色。
石达开率部辗转南方各省，沉重打击了清王朝统治势力。据]唐鸿学《四川总督赵尔丰奏折》称：“金陵老巢之得负隅，全恃石逆之善布远势，牵制官军。自石逆服诛，金恃失一重大外援，官军乃得一意围攻金陵，江南军务遂以肃清。”
问题是石达开并没有把握好图川时机，在湖南战场与敌拼消耗；未及时与李、兰起义军配合，共同打击清军；没能处理好与当地少数民族的关系，造成了民族矛盾，这些因素最终导致英雄困死大渡河。
