简要概述：本案是一宗政府侵占村小组集体土地的纠纷，以下是案情概要。
事情发展脉络：
1997年8月4日，甲方吴川市大山江镇上岭圩村民委员会（即本案原告吴川市大山江街道岭圩社区上岭圩村民小组）与乙方大山江镇岭圩中学（大山江镇成人文化技术学校）签订了名为《有关岭圩中学改建为大山江镇成人文化技术学校用地协议书》，约定：一、甲方将“琴罗头岭”（即岭圩中学）土地，无偿提供给乙方做教育用地，该地不得作它用。二、乙方作一次性补偿上岭圩村所种的树木损失费肆仟元正........六、本协议一式五份，上岭圩一份，岭圩管理区一份，大山江镇政府一份，镇教办一份，学校自存一份。自双方签字之日起生效。协议结尾处，甲方有“吴川市大山江镇上岭圩村民委员会”盖章，乙方有“吴川县大山江镇岭圩初级中学”盖章，证明人处有“吴川县大山江镇岭圩管理区办事处”盖章。
岭圩中学停止办学，土地闲置，直至2007年村小组收回土地，租给龙土贵作塑料加工场使用，并收取每年1000元租金。
2016年4月，吴川市特殊教育学校看中涉案地块，故向政府提交申请建设吴川市特殊学校新校区的报告。
期间，村民小组村民见到涉案地块开始施工，就自发阻止施工，因为涉案土地属于小组所有，小组未见农用地转用手续和政府征地手续，也未征得小组同意，特殊学校就破土建设。在维权过程中，多位村民被政府刑事拘留，经过多轮协商，村民小组以停止阻扰为条件，政府才同意放人。后来，村小组委托本所律师介入，本所律师通过信息公开于2017年9月18日收到吴川市住房和城乡规划建设局吴建城函【2017】485号关于吴川市特殊教育学校办理情况政府信息公开的复函。了解到，政府部门已经给特殊学校办理了施工许可证。
经过分析公开信息材料，发现吴川市住房和城乡规划建设局办理施工许可证的法律依据和证据严重违法，其回复中证明其用地批准，用地手续的文件：
获此信息后，村小组已经确定政府违法办理施工许可证，故此将吴川市住房和城乡规划建设局告上了法院：
本案于2017年12月1日开庭，庭审过程中，法官归纳 焦点有三：
一、原告主体资格是否适格，与本案是否有利害关系；
二、原告诉请是否超过起诉期限的问题；
三、关于被告所作出的涉案许可证是否合法。
被告主张：涉案土地属于吴川市政府所有，是国有建设用地，其理由如下：
1、岭圩中学属于公办学校，一直使用该土地，所以土地属于吴川市政府所有；
2、当时不具备法律登记条件，所以一直以来没有办理征收、征用等法律手续，但是实际上已经收归国有；
原告律师提出如下庭审代理意见：
一、原告主体资格是否适格，与本案是否有利害关系。
根据庭审查明的事实：1997年8月4日，甲方吴川市大山江镇上岭圩村民委员会（即本案原告吴川市大山江街道岭圩社区上岭圩村民小组）与乙方大山江镇岭圩中学（大山江镇成人文化技术学校）签订了名为《有关岭圩中学改建为大山江镇成人文化技术学校用地协议书》，约定：一、甲方将“琴罗头岭”（即岭圩中学）土地，无偿提供给乙方做教育用地，该地不得作它用。二、乙方作一次性补偿上岭圩村所种的树木损失费肆仟元正........六、本协议一式五份，上岭圩一份，岭圩管理区一份，大山江镇政府一份，镇教办一份，学校自存一份。自双方签字之日起生效。协议结尾处，甲方有“吴川市大山江镇上岭圩村民委员会”盖章，乙方有“吴川县大山江镇岭圩初级中学”盖章，证明人处有“吴川县大山江镇岭圩管理区办事处”盖章。此协议证明了，原告上岭圩村民小组是原岭圩中学校址所在地的所有权人，庭审中，被告吴川市住房和城乡规划建设局认可涉案土地系上述协议中的土地。
可见，本案涉案土地系原告所有，被告在原告土地上许可第三人吴川市特殊教育学校施工，依法侵害了原告的土地所有权等权益。因此，原告是涉案土地有利害关系的适格主体。
二、原告诉请是否超过起诉期限的问题。
原告认为，涉案土地属于原告所有，第三人吴川市特殊教育学校在原告没有同意的情形下就开始施工，原告一直认为第三人是没有获得政府批文许可的违建行为，为了了解事实，原告向被告申请政府信息公开，了解是否给第三人颁发了施工许可证，被告通过快递的形式向原告送达了吴建城函【2017】485号关于吴川市特殊教育学校办理情况政府信息公开的复函，原告于2017年9月18日收到该复函，从而了解到被告在2016年12月30日已经为第三人办理《建筑工程施工许可证》，施工许可证载明的合同工期为：2016-08-10至2017-05-10。直至涉诉期间，该工程仍然在施工建设当中。
可见，原告知道被告作出施工许可行为是在2017年9月18日，法院是在2017年10月13日立案，原告的诉请依法在诉讼时效内。
三、关于被告所作出的涉案许可证是否合法。
庭审过程中查明了，涉案土地系原告林地租给岭圩中学办学使用，后原告收回土地出租给龙土贵作塑料加工场使用，并依法收取租金。之后，无关第三人向政府申请涉案用地进行建设，被告在审查不实的情况下，在没有相关农用地转用手续、没有征收土地手续的情形下，仅凭吴川市大山江街道岭圩社区居民委员会（非本案土地所有权人）出具的内容不真实的证明认为该地属于“吴川市政府所有”、属于“教育建设用地”是没有任何法律和事实依据的。
被告庭审中没有提交涉案土地依法属于“吴川市政府所有”的法律依据和证据，其主张岭圩中学一直使用土地的事实就证明了该地是属于“吴川市政府所有”，这种主张不符合事实推定和法律推定。原告举证岭圩中学的原址土地来源于原告的林地，并提供了相关协议、林权证、居委会证明、收租收据予以证明。可见，原告才是土地的所有权人，岭圩中学的使用权也是来源于原告的所有权。庭审中，被告亦承认，对于涉案土地没有经过任何征收、征用、划拨等手续，认为当时不具备法律条件，不需要经过法定征收、征用程序，就已经是收归国有了，之后也无需补办相关手续。关于这种说法更是离谱，本案中租借关系是原告和上岭圩中学，跟吴川市政府没有半毛钱关系，压根就没有政府什么事。被告在用地手续如此不完备的情况下做出施工许可的行政行为，依法属于滥用职权。
综上所述，原告属于涉案土地所有权人，第三人在没有获得用地批准（农用地转用、征收、征用、划拨），没有经过原告同意的情形下，被告为其办理施工许可，实属严重的违法行政许可行为，应当予以撤销，法院在依法审判的前提下，应将相关材料作为滥用职权的依据移交有关部门立案侦查，追究相关责任人的刑事责任，或者依法向被告等政府部门提出司法建议。
法庭庭审宣布：
12月15日宣判。
预知后事如何，请听下回分解.
本案中，该涉案土地，在2004年12月6日的确权登记中，没有将涉案土地登记为小组土地，该土地目前没有登记信息。
所以，这个也是被告“有话说的原因”。当然根据举证责任分配，被告承担举证不能的后果，况且原告村小组已经提供了初步证据。
1、如果法院，以土地确权是前置程序为由驳回，那么对原告也是不利，因为土地权属纠纷属于吴川市政府和村小组，把确权交给政府，那么显然是不公平的裁决。
2.该宗土地主体建设已经基本完工，法院可能以涉及公共利益为由，不撤销该行政许可行为，而是作确认违法。庭审过程中，被告提供了如下照片，证明建设已经完工，已经既成事实（财政拨款1600万）：
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