武帝建元元年（前104年），刘彻采纳董仲舒建议，“罢黜百家，独尊儒术”。
四年后，又置五经博士，将儒学奉为官学。汉宣帝甘露三年（前51年），宣帝又在未央宫石渠阁诏诸儒讲论五经异同，增设大小夏侯《尚书》、大小戴《礼记》、梁丘《易》以及《谷梁春秋》博士。东汉后，统治阶级更加强思想的统制工作。汉明帝尝在明堂而朝群后，“飨射礼毕，帝正坐自讲，诸儒执经问难于前，冠带缙绅之人，圜桥门而观听者盖亿万计。”（范晔《后汉书》）
汉章帝则效石渠阁故事，在白虎观大会诸儒，考详五经同异，又命史臣著为通义，名为《白虎通德论》，简称《白虎通》，颁之全国。总之，自汉武帝起，儒学成为封建社会的统治思想，处于独尊的地位。
汉代儒学的辉煌，与统治者对儒学的高度重视密不可分，而魏晋时期的儒学却为何衰落了？
首先，动荡的政局，儒学思想“难于进取”。
魏晋南北朝，为中国历史上时局比较动荡的一个时期。这一时期，稳定、巩固的中央集权始终难以建立起来，“禅让”十分频繁，汉禅魏，魏禅晋，晋禅宋，宋禅齐，齐禅梁，梁禅陈，周禅隋，且每一次都充满阴谋、充满杀戮。
这种情况下，许多士族豪强地主想要篡权以自立，除了要具备雄厚的军事实力，还要有思想装器。可是正统的儒家思想尽管“可与守成”,却“难与进取”。而如曹操，一反汉代以“德行为本”的选才标准，主张“唯才是举”,不管“被褐怀玉，盗嫂受金者”,只要有才能，即可举用。
而士人们，也深感儒学难以救世，难以保护自己，于是他们有的人不再拘于礼法，纵欲任诞。如阮籍，据载原有济世之志，早年思想倾向儒家，因对司马氏集团心怀不满，又不敢明着反抗，于是归宗老庄，经常酣饮。有的人则归隐田园。如陶渊明，尽管年轻时有济苍生之雄心，但在任彭泽令时，被黑暗的政治现实所“击倒”，挂印而去。
有的人则追求玄虚。如何晏，尽管身居要职，却鄙薄世务，常常利用自己的威望，召集名士聚会，以清谈消闲度日，寄托精神。
其次，玄学兴起。
儒家学说经过有汉一代，成为独守尊崇的经学。在汉代，经学大发展，至东汉末年，郑玄汲取综合前人成果，几乎遍注各经。而魏、晋学者则认为，经学过于繁琐支离，于是对经书重新作注。如王弱注《周易》上下篇，韩康伯又对《系辞传》以下诸篇作了注；杜预重新注《春秋左传》，何晏重新注了《论语》等。
可是就在此时，以老庄思想为主体的玄学早已兴起，如注经书的王弱、何晏等均为玄学家，他们在解释儒家经典时已在用老庄的思路了。
魏晋时期，玄学发展到了极点。西晋大臣如王衍之流竟清谈而不理政事。最后西晋灭亡，王衍等玄学家被杀的不在少数。而东晋偏安东南一隅，对于经书，除郑玄所注《毛诗》、《仪礼》、《周礼》、《礼记》外，其它都用魏晋人的注本，维持魏晋风气，继续兼用玄学。
再次，佛、道之风日盛。
在西汉创国之初，老、庄思想曾备受推崇，但自武帝“罢黜百家，独尊儒术”，奉儒学为官学后，儒学就处于统治地位。
随着进入政局动荡的魏晋时期，儒学流弊日显，很多士人见求儒不成便开始入道，刮起一股“尚无、谈玄”之风。如顾炎武在《日知录》中云：“正始（魏邵陵厉公，即齐王芳的年号）时名士风流，盛于雒下。乃其弃经典而尚老庄，蔑礼法而崇放达，视其主之颠危，若路人然，即此诸贤之倡也。自此以后，竞相祖述。”至东晋，门阀士族力量更是发展到顶峰，更是背离儒学而以老庄解释万物。据《晋书·儒林》载：“有晋始自中朝，迄于江左，莫不崇饰华竞，祖述虚玄，摈阙里之典经，习正始之余论，指礼法为流俗，目纵诞以清高，遂使宪章弛废，名教颓毁，五胡乘间而竞逐，二京继踵以沦胥，运极道消，可为长叹息者矣。”
而外来宗教—佛教，大约于两汉之际传入中国，但真正兴盛于魏晋南北朝。
当时由于社会长期混乱，民众生活走投无路，从佛教的“转生”、“来世”找到精神安慰。另外，佛与道有相通之处。道家尚无，佛家尚空。“空”与“无”有相通之处。当时盛行“尚无、谈玄”之风，因此佛教也开始大发展。
很多玄学人物后来都成为佛、道兼宗的人物。这一时期，一大批华人高僧出现了，如佛图澄、道安、慧远、昙鸾、法显等。
