细菌与噬菌体的战争中用过的剑,给我们生,也让我们死

如果将噬菌体也算作生命的话,它们的数量无疑是生物界最多的,估计达到了10^31个,大海中70%的细菌都感染了噬菌体。那么作为构造极简单的原核生物,细菌是如何对抗这些微小且致命的杀手的呢?

让人直觉上很难理解的是,今天的故事中就包含着你我为什么会生存与死亡的秘密。

轻装上阵约等于无敌

一个有趣的知识——要知道,我们并不是细菌进化来的,我们与细菌没有直系亲缘,这么小而突变率如此高的生物36亿年来都一直没有给自己一场革命,是因为它们的轻装上阵战略过于成功。

还记得我们中学生物中学过的两个名词吗?“外显子”与“内含子”,其中内含子是没有直接意义的沉默DNA片段,目前已发现DNA总量最多的植物是衣笠草,含有约1490亿个碱基对,其中有超过98%的都是内含子。

但细菌却完全不是这样,已知基因组最大的细菌是堆囊菌属(Sorangium),它们拥有1303万个碱基对,差了足足一万倍。细菌的DNA是环状的且没有内含子,每一个碱基都是有意义的。它们的体积是如此的小,通常只有真核细胞的一万分之一到十万分之一;它们繁殖速度又是如此之快,理想状态下一枚细菌分裂36个小时后就能铺满整个地球表面一尺厚。

内含子在真核细胞中的大量积累与一个可以疯狂复制自己的“跳跃基因”有关,真核细胞的对抗策略是进化出细胞核,阻止“跳跃基因”与核糖体接触,而细菌对抗跳跃基因的方法则更加简单有效——它们完全没有任何能力抵抗“跳跃基因”,染之必死。但因为体型极小繁殖极快,所以可以快速迭代淘汰不利性状,就算一个菌落中99%的个体都受到了污染,依然有少数细菌可以逃出生天。

宁为玉碎,不为瓦全

在对抗噬菌体的时有两套方案,细菌自身有一套对抗噬菌体的名为CRISPR-Gas系统,可以将噬菌体的基因切割下来整合在自己的DNA中,有了备案之后细菌就可以针对性地合成切割噬菌体DNA的蛋白质和在细胞壁上防御噬菌体入侵的蛋白质。

但是呀,双拳难敌四手。噬菌体一旦搞起“毒海战术”来,细菌的防御机制瞬间变得形同虚设。有一类噬菌体的一次感染能释放几百甚至上千个复制体,被称为烈性噬菌体。一旦烈性噬菌体在密集的细菌群落中降落,就会引发一场类似核裂变的链式反应,指数级增长的噬菌体铺天盖地,每个细菌都会被数百个噬菌体围攻,没有一丝希望。

面对这种极可能导致彻底“亡族灭种”的噬菌体“丧尸危机”,细菌唯一能依靠的还是看家本领——轻装上阵,快速繁殖。你噬菌体不是很厉害么?不是要团灭我细菌么?好!宁为玉碎,不为瓦全!在你们吞噬我们之前,我们就先消灭自己!

被细菌感染并死亡的细菌会释放一种特殊的蛋白质,其它细菌收到蛋白质后会有两个不同的应对机制:营养丰厚的细菌会将所有资源投入到发育孢子中,而其它细菌会分泌一类被称为胱天蛋白酶(Caspases)的物质“自行了断”,这种蛋白质将从内部拆散细胞骨架,让细菌凋亡。

没有了活体细菌,噬菌体根本无法复制,链式反应也就此中断,当随着时间推移,噬菌体们散去后,继承了先烈遗志的孢子们纷纷成长,给细菌带来了新的希望。

这就是生命史上可能最早的自杀行为,也是最惨烈的求生赞歌。

凋亡给我们生,也让我们死

所以,这与我周树人又有什么关系?当然有关系了,事实上我们真核生物最重要的技能之一就是细胞凋亡。我们能长成这个样子,都是因为在发育过程中体细胞有规律的迁移与凋亡,如果在发育中我们手部不能正常凋亡,我们的指头就无法分开,会长成鸭子一样的蹼。

不仅如此,就算是在成年的个体向上凋亡也在无时无刻地工作着,我们的头发与皮肤、指甲都是死细胞堆积而成的,这些细胞当然不是衰老死亡,而是在凋亡的调节下源源不断地成长为“炮灰”,可以说,没有凋亡机制就不可能存在复杂生命。

可既然在意料之外,又在情理之中的是——我们的凋亡机制是直接调用细菌的,准确来说,是20亿年前进入真核细胞中的那枚古细菌的后代——线粒体。我们的细胞在收到信号蛋白后,会传递给线粒体信号,线粒体就会分泌胱天蛋白酶,熟练地将细胞拆解,就像37亿年间一直操作的那样。

现在高度发达的生物学正在向我们揭示,衰老并不是单纯的老化,很可能与细胞的凋亡机制出现失衡,过量消灭正常细胞有关。凋亡——这把诞生与菌毒之战双刃剑,给我们带来了生的希望,也带来了死的结局,所以生死相依,生生不息是也。

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