光在穿过物体时，组成物体的原子会选择性地吸收光子，绝大部分固体物质都会把可见光吸收掉，所以这些物质是不透明的。
原子由原子核与核外电子组成，原子的经典直径为10^-10米数量级，原子核的经典直径为10^-14~10^-15米，电子的经典直径为10^-15米；由此可知，在正常情况下，原子核体积占了原子体积的千亿分之一不到，原子中99.999999999%的体积是空的。
但是微观世界的物理定律与宏观不太一样，微观粒子遵循量子力学的法则，比如在量子力学中，核外电子是电子云模型，在所处能级附近发现电子的概率最大。
随着原子序数的增加，原子的核外电子数量也在增加，核外电子存在很多能级，不同能级之间存在能量差：
1、当核外电子从高能级向低能级跃迁时，核外电子会释放光子，光子能量正好等于两个能级之间的能量差。
2、当核外电子吸收光子，且光子能量等于两个能级的能量差时，电子从低能级向高能级跃迁。
3、当核外电子吸收的光子能量，大于到任何高能级的能量差时，核外电子会完全脱离原子核的束缚成为自由电子，并获得动能。
可见光是电磁波中很小的一个波段，波长λ=380nm~780nm，光子频率ν=c/λ，光子能量E=hν，其中h为普朗克常数，于是波长越长的光子能量越低，波长越短能量越高。
当光子在原子间穿行时，如果光子能量正好等于某两个能级之间的能量差，那么处于低能级的核外电子，就有可能把光子吸收掉，于是物质会选择性地吸收相应波长的光，如果某物质对可见光波段完全吸收，那么我们说该物质是不透明的。
如果某个物体对可见光波段完全不吸收，那么我们说该物体是透明的，如果只吸收部分可见光波段，那么该物体表现为透过某种颜色的光；比如普通玻璃不吸收可见光波段，所以表现出透明，而蓝色玻璃则不吸收蓝光或者吸收少量蓝光。
对于生活中的绝大部分固体物质，其内部含有的杂质很多，一般对可见光的吸收很明显，所以绝大部分物质都是不透明的；值得注意的是，“透明”一般针对物质是否对可见光吸收，比如晶体硅是黑色的，说明可见光会被晶体硅吸收，但是红外线可以穿过晶体硅，所以晶体硅对红外线来说反而透明。
原子之间以化学键连接，化学键的本质是相邻原子之间的电磁相互作用，原子核带正电，电子带负电，当两个原子靠得太近时，原子核之间会产生排斥力，核外电子云也会发生变形，以此排斥相邻原子进入自身内部。
组成我们人体的基本物质也是原子，我们用手触摸物体时，也会受到组成物体的原子产生的排斥力， 所以哪怕原子内部99.999999999%是空的，我们的手也无法直接穿过去。
