秦始皇到底有多少个子女，至今没人能说得清，但可以肯定的是，他们没有一个得以善终，并且没有留下后代。秦始皇灭门惨案中，罪魁祸首首先就是秦二世，其次就是霸王项羽。
由于史料缺乏，我们能够依据的史籍记载几乎只有《史记》，《史记》中记载，秦始皇共有约二十三个儿子以及十个女儿，其中留下姓名的儿子有四人，分别是长子公子扶苏、公子高、公子将闾、胡亥（秦始皇第十八子，即秦始皇），女儿均未留下名字，嬴阴曼、嬴诗曼什么的均可认定为后世杜撰。
公子扶苏的事迹大家都比较了解，秦始皇在世之时，他就因为劝谏秦始皇而被派往边疆，协助蒙恬修建长城、抵御匈奴。秦始皇驾崩之前曾经发遗诏让公子扶苏“与丧会咸阳而葬”，但是秦二世、李斯、赵高等人“恐诸公子及天下有变”，暗中定计，拥立胡亥，并赐公子扶苏、大将蒙恬死。
秦二世即位之后，曾经向赵高表达了自己的困惑：“大臣不服，官吏尚强，及诸公子必与我争，为之奈何？”在赵高的建议下，“乃行诛大臣及诸公子……而六公子戮死于杜。”其中，公子将闾等兄弟三人确实没有什么能被秦二世抓住的把柄，便被关押在内宫，没过多久，秦二世也以“莫须有”的罪名，令他们三人自杀，于是“宗室振恐”。
随后，秦二世“杀大臣蒙毅等，公子十二人僇死咸阳市，十公主矺死于杜，财物入于县官，相连坐者不可胜数。”（《史记·李斯列传》）也就是说，秦二世即位之后，不仅杀了前朝大臣、自己的亲生兄弟，连姐妹也没有放过！他的哥哥公子高本来准备逃亡，但又顾及家人的性命安全，于是悲怆地主动上书，请求给秦始皇殉葬，“胡亥大悦”，同意了他的请求，并“赐钱十万以葬”。
秦始皇留下姓名的儿子全都被秦二世所杀。至于秦王子婴的身世，至今也没有定论。如前言所述，研究秦朝历史最重要的史书只有《史记》，而《史记》中对子婴的记载有自相矛盾之处，比如《秦始皇本纪》中记载“立二世之兄子公子婴为秦王”，即子婴是胡亥哥哥的儿子（有人以此认定子婴乃公子扶苏之子，此事也未有定论），在《史记》其他记载中，又有子婴是秦始皇的弟弟、儿子以及侄子等说法。
在项羽灭秦、入主咸阳之后，“杀子婴及秦诸公子宗族”，至此，秦始皇的后人全部罹难。
