Y染色体是男性携带的性染色体，它拥有决定性别的SRY基因，这个基因这决定了一个胚胎是会发育成男性（XY）还是女性（XX）。Y染色体只包含很少的基因，这是生命中唯一非必要的染色体，毕竟，女性没有Y染色体照样活得很好。
研究发现，Y染色体已经迅速退化，使得男性的Y染色体远小于X染色体。如果这种退化速率持续保持下去，Y染色体将在460万年后完全消失。这听起来好像是很久的时间，但要知道生命已经在地球上存活了35亿年。
如果时间回到1.66亿年前，最早哺乳动物的Y染色体并非像现在这样。事实上，早前的原始Y染色体和X染色体大小一样，并且携带着一样的基因。然而，Y染色体存在一个根本缺陷。不像其他染色体在每个细胞中都有两份副本，Y染色体始终只有一份，并且只能由父亲遗传给儿子。
这就意味着Y染色体不能进行基因重组。然而，在每一代中发生的基因重组有助于消除有害的基因突变。由于缺乏基因重组的优势，Y染色体基因随时间不断退化，最终将会在460万年后从基因组中消失。
尽管如此，也有研究表明，Y染色体发展出了某些机制来延缓甚至停止退化的速率。但支持Y染色体消失的科学家认为，Y染色体最终会不可避免地消失，即便能够减缓速度也是于事无补。2016年的一项研究表明，日本棘鼠和鼹形田鼠都失去了它们的Y染色体。科学家认为，基因在Y染色体上丢失或产生的过程会不可避免地会导致生育问题，但这反过来又能推动全新物种的形成。
如果Y染色体消失，男性会消失吗？
就算是Y染色体在人类中消失，这也并不意味着男性会就此消失。即使在已经完全失去Y染色体的物种中，雄性和雌性仍然都是繁殖的必要条件。
在Y染色体消失的情况下，决定性别的SRY基因将会转移到其他染色体上，这意味着这些物种产生的雄性可以不需要Y染色体。然而，新的性别决定染色体，就是拥有SRY基因的那条染色体，由于同样缺乏基因重组，将会导致它重复之前Y染色体退化的过程。
虽然Y染色体是正常人类生殖所必需的，但如果使用辅助生殖技术，它携带的许多基因是不必要的。这意味着基因工程可能很快就能取代Y染色体的基因功能，可以允许不育男性或者同性伴侣繁殖后代。
尽管这是基因领域备受争议的方面，但是没什么需要担心的，因为我们根本不确定Y染色体是否会完全消失。并且正如前面所提到的，即便Y染色体在大约500万年后完全退化，人类的正常繁殖仍然离不开男性，而男性也不会消失。
