从清朝开始，蒙古地区正式成为了中国的领土。不过，由于漠北的蒙古部族归附清朝的时间比较晚，地理位置也相对较远，因此，对国家的认同度远不如漠南蒙古部族。这也为后来的外蒙古自立埋下了隐患。
到了晚清时期，国力衰弱，帝国主义列强都对中国虎视眈眈，国家内部也是矛盾重重。其中，蒙古地区由于经济严重落后，导致社会矛盾不断加剧。为了缓和这一局面，20世纪初，清政府开始在蒙古推行“新政”，试图振兴蒙古经济。但由于“新政”中的种种不合理条款，最终导致蒙古经济不但没有变好，反而进一步恶化。与此同时，一直对中国领土垂涎三尺的沙皇俄国开始不断在外蒙古进行煽动工作，许多蒙古贵族开始产生了亲俄思想。
到了1911年，清朝的统治已名存实亡。这年7月10日，外蒙古第八世活佛哲布尊丹巴以会盟为名，在库伦（现乌兰巴托）召开四盟王公秘密会议，实行外蒙古“独立”，并派遣代表团秘密出访俄国寻求“庇护”，沙皇俄国随即答应给予蒙古军事支援。同年12月，外蒙古正式宣布独立，建立大蒙古国，公推哲布尊丹巴为皇帝。接着，外蒙古在沙俄的煽动下，还派军侵占了内蒙古。后来，袁世凯出兵收复了内蒙古。不过，沙俄却在此时插手干预中国内政。他们强迫北洋政府签订了《中俄声明》，规定：外蒙古承认中国宗主权，为中国领土的一部分。中国承认外蒙古自治。中国不得在外蒙古派驻官员、军队，不得移民。就这样，中国对外蒙的权力由主权沦为了宗主权。外蒙古虽然没能彻底实现独立，但却成功争取到了高度的自治权，为以后的进一步自立做好了铺垫。
1917年俄国爆发十月革命，新成立的苏俄两次发表对华宣言，宣布废除沙俄与中国签订的不平等条约，但事实上却继续支持外蒙古自立。
1919年，中华民国大总统徐世昌和政府首脑段祺瑞遂决定派名将徐树铮带兵进入外蒙古，解决外蒙自治的问题。徐树铮是位才华横溢的将领，他一直积极主张外蒙古要撤销自治，和内地其他省份一样实行同化政策。10月，徐树铮以西北筹边使身份赶赴外蒙古。外蒙贵族知道如果强硬对抗，肯定不是徐树铮的对手，但又不想失去既得利益。于是便在撤销自治的问题上讨价还价，百般推诿。可徐树铮早就看透了这些人的心思，他斩钉截铁的对外蒙贵族说道，撤销自治是个没有商量的问题，而且必须马上解决。徐树铮的这一态度，让外蒙古的权贵们大感惊恐。
为了彻底断了外蒙古贵族们的念想，徐树铮还对外蒙“总理”巴德玛多尔济说了一句话：“宽限一日，夜晚须解决，否则拿解者不止一佛（指外蒙“皇帝”哲布尊丹巴活佛），执事虽老，亦当随行！”听了徐树铮的这句话，巴德玛多尔济吓得战战兢兢，第二天便赶紧召集王公和喇嘛开会，拟出了请求撤治的呈文，马不停蹄地交给徐树铮。至此，外蒙古全境重新回归中国的直接管辖之下。北洋政府在库伦设立“中华民国西北筹边使公署”，由徐树铮率部在外蒙古驻防。
此后半年多的时间里，徐树铮坐镇外蒙古，很快就取得了显著的成绩。不过，好景不长。1920年7月19日，段祺瑞下台，徐树铮被迫率军返回内地。没过多久，外蒙古就陷入了混乱状态。1921年，在苏俄出兵支持下，外蒙古再次宣布独立。中国北洋政府虽然不予承认，并抗议苏俄出兵的行为。但由于国内政局混乱，也无暇顾及。外蒙古从此在实际上脱离了中国。
1925年12月，当年解决了外蒙古问题的名将徐树铮在坐火车前往天津的途中，遭军阀逮捕并枪杀，享年45岁。
