1937年7月7日，日本全面侵华战争爆发了。在长江上，美国和英国的海军舰船和日本军队发生了各种摩擦事件。
1937年11月起，美国炮舰“帕奈”号被派往南京江面待机应变，以及协助外交人员和侨民撤离。此前停泊南京江面的“美平”、“美安”等3艘美孚公司的商船也借机同行。
▲ “帕奈”号炮舰
1937年12月12日，“帕奈”号刚刚准备对那几艘油船进行护航，并带着补给物资和许多美国的外交人员和避难者离开南京。当时南京已经在日本军队的铁蹄下成为一片废墟，更发生了骇人听闻的大屠杀。大约在下午1时35分，没有任何警告和预兆，正在起锚的“帕奈”号和那几艘油船突然遭到日本轰炸机[ 从日本航母起飞的96舰爆]的攻击，水手们勇敢的进行回击，但他们的防空火力——8挺刘易斯7.62毫米机枪没法对付现代化的轰炸机。该舰被命中两枚60公斤炸弹（日机共计投弹18枚），并遭到机枪扫射和近失弹片损伤。在两个半小时之后（下午3点54分），“帕奈”号和几艘油船沉入江底。舰上官兵中有13人重伤（其中1人伤重不治），32人轻伤。幸存的水手们带着伤员利用救生艇逃离，躲避着日军的搜捕，在长江沿岸的沼泽地躲了3天，直到他们被“瓦胡”号和英国炮舰“瓢虫（Ladybird）”号营救。日本人随后对此事件进行了道歉，称是把“帕奈”号和油船当成了中国船只误击。东京方面愿意为“帕奈”号、几艘油船、阵亡的2名美国水手和1名侨民赔偿200万美元。另外甚至提出来要新造一艘炮舰送给美国长江巡逻队，去顶替“帕奈”号的位置。
▲表现“帕奈”号和日机战斗的绘画
1937年，美国长江巡逻队把老旧的“帕洛斯”号卖给了中国的航运公司，1939年，宣布“莫诺卡西”号也不适合继续服役，进行了报废处理，将其爆破沉没。
当日本对华战争规模进一步扩大的时候，美国海军决定调动大部分停留在中国水域内的舰船，“图图伊拉”号驶往长江上游，在重庆继续保持美国的军事存在，“威克”号则决定留在上海，作为驻地船，而“瓦胡”号、“吕宋”号和“棉兰老”号则前往菲律宾。1941年11月底，“威克”号炮舰载运补给品赴汉口，回航上海的基地后，其大部分船员随其他炮舰离开中国调往菲律宾，只剩下10名电讯人员留守。12月8日，日本对太平洋和远东的英美目标发动突然袭击，太平洋战争爆发。在上海黄浦江上，日舰击沉了拒绝投降的英国海军炮舰“海燕”号（HMS Peterel），同时派出登舰人员袭击了锚泊中的“威克”号。在日本海军登舰部队来袭的时候，“威克”号放弃了抵抗，被日本海军接收。12月15日，“威克”号被编入日本海军，改名叫“多多良”号。整个战争中，“多多良”号都在日本海军手中，继续在长江执行任务。[ 抗战胜利后，其被移交给国民党海军，改名“太原”号。1949年4月23日，该舰在南京笆斗山江面随海防第二舰队起义，4月30日被国民党空军派机击沉，因损伤过重，没有再加以修复。
▲日军手中的“多多良”号炮舰，照片拍摄于1942年
▲国民党海军时期的“太原”号炮舰
当时，作为一种支持中国抗战的政治姿态，英国向当时的中国政府赠送了3艘长江炮舰。美国也不甘落后，决定把在长江上仅剩下的一艘炮舰“图图伊拉”号无偿赠送给中国。
▲“图图伊拉”号炮舰
▲正航行在长江三峡中的“图图伊拉”号炮舰
▲停泊在重庆的“图图伊拉”号炮舰，拍摄于赠送国民政府的前夕
1942年3月17日，重庆下游举行正式的交接仪式，“图图伊拉”号炮舰被移交给中国海军，同时移交的还有英国赠送的“塘鹅”、“猎鹰”、“矶鸲”三舰。“图图伊拉”更名为“美原”号[ 该舰后来在抗战中退役，解放前被国民党海军凿沉]。“图图伊拉”号的美国舰员们则想突破日军封锁，回到同盟国的阵营。他们历经千难万险，横穿中亚辗转到达印度，终于从那里回归美国海军。
在菲律宾防卫战中，原属于美国长江巡逻队的其余炮舰不是沉没，就是被日本人俘获。其中“棉兰老”号被日军轰炸机击中自沉；“吕宋”号被日军俘获，改名“唐津”号，战争末期自沉。“瓦胡”号被日军舰炮击沉。就此，美国海军这段独特的历史也被画上了句号。
▲四艘长江炮舰的对比图，从上至下分别是英国炮舰HMS“森林云雀”号和HMS“野鸭”号，意大利炮舰“雷班托”号和美国炮舰“图图伊拉”号
▲美国长江巡逻队老水兵遗物，分别是文件、奖章和臂章
▲《圣保罗号炮舰》大幅手绘海报
▲ “吕宋”号炮舰明信片
