蒙古帝国征服金朝以后，负责漠南汉地事务的忽必烈于1260年在中原即位称帝。同年，高丽元宗向其称臣，高丽成为其东藩。1264年忽必烈定鼎燕京，以易经“大哉乾元”之意，建立元朝，定都大都（今北京），并于两年之后要求高丽派使者奔赴日本，希望与日本“通好”。 其实忽必烈并非想真的与小国“通好”，只是想把日本当成另一个像高丽那样的藩地。
由于日本孤悬海外，大浪滔天，元使一行竟渡了几次也没到达日本本岛。忽必烈又命高丽国王派人转送，“不得其要领而归”。元使又往，在对马岛为倭人所拒，只得捆上两个当地人当“舌头”回来复命。最后，还是由于懂日本话的通事曹介升等人引路，元使赵良弼一行才得达日本。当时的镰仓幕府根本不知道蒙古人是什么物种，无知者无畏，连见也不见，把赵良弼一行晾在太宰府。
第一次东征
见日本方面无回音，忽必烈大怒，于1274年（至元十一年）十月，任命征东元帅忻都、右左副帅洪茶丘和刘复亨统率蒙汉军2万人、高丽军5000人、水手6700人．计3.23万人从高丽合浦出发。
首战攻击非常顺利，对马岛的倭军被全歼。
蒙古军在肥前遭到顽强抵抗，但一当摆出火炮轰击，手持大刀身穿大肥免裆裤的倭兵将顿时就傻眼了——在此之前倭国从来就不知道世上还有火炮这种东西。
蒙军在博多湾登陆后，连日奋战，上下皆感疲累。特别令蒙古兵将失望的是，日本这疙瘩根本不是传说中的“遍地黄金”。如此贫瘠海岛，腥风劣土，且日本人长像也不咋地，獐头鼠目，个头比蒙古人还矮。如此，元军贪欲一失，战斗力和求胜心立时下降。高丽将领劝忻都一鼓作气直杀太宰府，忻都不同意，下令全体士兵离岸上船，见好就收，准备班师。
不料，当夜意外台风刮翻元军200多艘兵船，忻都连夜乘剩余船只撤退回国。
消息传至幕府，忧心忡忡的北条时宗喜出望外，连连叩头感谢上苍，嘴里不停地念叨：“神风！神风！”此役，日本称之为“文永之役”。南宋遗民闻知此讯，很是“幸灾乐祸”，作诗道：“涉险应难得命还，倭中风土索蛮顽。纵饶航海数百万，不直龙王一怒间！”（《元贼谋取日本》，郑思肖）
第二次东征
1275年（至元十二年），忽必烈遣礼部侍郎杜世忠等人为使，再去日本宣慰。不料，元使一行千辛万苦到达日本后，将军北条时宗依仗上次打了胜战，不再害怕蒙古帝国了，一挥手，下令把这一群神色傲狠的元使皆押出去砍了。忽必烈非常恼火，开始积极筹划第二次进攻。
1279年元军征服南宋之后，于1281年春发动了对日本的第二次入侵。
元军的这次入侵规模大于第一次，其中由范文虎、李庭等人率领的江南军就有十余万人。元军舰队因供应和人员登载问题而推迟了起航。他们的高丽盟军先行进发，在对马岛惨遭失败而返。
蒙古将忻都贪功，自忖轻舟熟路，首先从合浦起航，拥千艘战舰打下壹岐岛。然后，他也不等江南军的到来，径自扑向博多湾。但是，元军忽然发现日本人早已在沿海滩头砌筑了层层石坝，战舰根本靠不了岸。无奈，元军只得强攻志贺岛，得手后却无任何便宜可占。由于补给困难，疫病流行，忻都只得又撤回壹岐岛，与范文虎的右路军会师，伺机再战。
此时一场持续两天的台风，也就是现在非常有名的“神风”，袭击了元军舰队并摧毁了大部分的船只。
风息之后，日本人来了精神，挥着大刀嗷嗷冲杀过来。元军体弱力疲，大部分战死，最终剩下两万多人，皆为倭人所俘。
于是，这大群元军俘虏被押至八角岛依次甄别，凡是蒙古人、高丽人、北方汉人，皆就地杀头，只留下几千新附军，倭人认为这些江南人是“唐人”，“不杀而奴之”，充当奴隶使用。
范文虎、忻都等人将残军回合浦，上报忽必烈说途中遇风，数将不听节制，暂时回军，隐瞒大败的实情。
不久，被倭人俘为奴隶的江南汉人于阊逃回国内，尽报实情，忽必烈这才得知，他的征日十万大军被范文虎等人皆弃于波涛狂浪之间。
忽必烈于1286年试图第三次出征日本，但因同时在南方发动的对越南陈朝的进攻受挫造成国力匮乏而停止。
