乱伦在世界上几乎每一种文化中，都是禁忌，但历史情况却并非一直如此。贵族和皇室成员过去通过与他们的亲戚结婚，来保持皇室血统的纯洁，尤其是埃及的统治者，他们经常和自己的兄弟姐妹甚至自己的孩子结婚。这让我们得以看到乱伦可能导致的严重基因突变情况。但是乱伦到底是如何导致的遗传问题呢？
即使并不总是存在有基因突变，但与你亲戚的近亲关系，也会带来很多涉及隐性特征的问题。因为你俩有相似的基因，你的任何隐性异常，都可以更容易地遗传给你的后代，并且在你的后代中表现得更为明显。这也意味着，即使你自己没有任何遗传疾病的迹象，但你的孩子还是可能会出现与乱伦有关的基因突变。值得注意的是，这些特征和突变并不总是来自乱伦，但它们可以通过乱伦行为更频繁地出现。
哈布斯堡下巴
这种遗传疾病，也称为下颌前突症，与贵族家庭有关。西班牙哈布斯堡家族在15世纪中期掌权，并一直保持到18世纪中期，但在此期间，有相当多的近亲繁殖现象。哈布斯堡家族没有与家族外的人结婚，而是安排了亲密的婚姻，来保护自己的利益。不幸的是，他们为自己的基因选择付出了代价。他们的孩子开始露出长长的、突出的下颚，并有严重的咬合不足现象。
最严重的例子是西班牙的查理二世，他有严重的下颌前突症，以至于他不能正常说话，不能咀嚼，还有流口水的问题。（此外，他不能生育，还有认知障碍：他4岁学会说话，8岁学会走路。）
即使是这个家族的现代祖先，也表现出这种遗传问题的细微变化，这表明乱伦基因突变的结果，可以持续很久。
畸形的头骨
如果你观察许多古埃及的半身像，你可能会注意到它们的头部看起来有点滑稽，在背后被拉长。这不仅仅是艺术家的风格选择，而且是真实存在的很多埃及皇室成员的头骨，都是长这样的。毕竟，埃及王室的习俗很大程度上依赖于乱伦。兄弟姐妹互相结婚，甚至是母亲与儿子结婚，表兄弟姐妹也经常和其他表兄弟姐妹结婚。结果，他们后代的头骨经常会出现变形现象，但值得注意的是，大多数皇室成员在成长过程中，会把他们的头包裹起来，以得到这种特殊的形状，因为这在当时，也是一种受欢迎的风格。例如，图坦卡蒙国王除了患有“腭裂、畸形足（双脚缺骨）和脊柱侧凸”之外，还患有这种颅骨变形症。
融合的四肢
津巴布韦的瓦多玛部落，相对孤立地生活着，他们的小团体中大部分是互相近亲结婚的，因此他们的脚上出现很多融合的现象，这让他们的脚有了一种独特的、像鸟一样的外观。使得他们有时被称为“鸵鸟族”。因为它们的基因库很小，而且这种基因是显性的，也是常见的，所以这种特征就一直存在了。
血友病
几个主要的欧洲皇室家族，都充斥着乱伦现象。维多利亚女王尤其看到了近亲繁殖的负面影响。19世纪50年代，维多利亚和阿尔伯特有一个孩子，他的血液凝结有问题。虽然那个孩子利奥波德（Leopold）没有和他的任何兄弟姐妹有乱伦行为，但他的很多兄弟姐妹，都嫁给了这个家族，甚至是间接的，他们的后代开始出现出血液疾病的症状。这是因为他们是血友病（有时被称为“皇家病”）的携带者，而血友病是一种隐性遗传疾病。
血友病困扰着俄罗斯皇室罗曼诺夫家族，而正是对患有血友病的王子阿列克谢罗曼诺夫（Alexei Romanov）——维多利亚女王的孙子和俄罗斯王位继承人的恐惧，让他的母亲亚历山德拉（Alexandra）被拉斯普京（Rasputin）迷住了。
血友病发生在血液不能正常凝固的时候。这意味着，即使是像简单的割伤、擦伤或流鼻血这样的小伤，也可能导致严重的失血，而且伤口不能正常愈合，并导致感染甚至死亡。
头小畸型
根据社会习俗，在巴基斯坦穆斯林中，近亲通婚仍在发生，其影响也正在显现。1998年的一项研究表明，大约63%的巴基斯坦人参加了血亲婚姻，这导致了小头症的增加，即孩子出生时头就特别小。尔这通常意味着大脑也没有完全发育。因此，带来的后果，从轻度到重度精神残疾是一个主要的风险。而巴基斯坦文化中的近亲繁殖，意味着每10000个巴基斯坦人中，就有一个存在这个问题，而全球人口中每100万人中就有一个有这个问题。
腭裂
图坦卡蒙出生于乱伦的家庭，在体检时，他的身体就出现了很多令人吃惊的健康问题，包括腭裂。当上颚没有完全形成时，会发生腭裂，因此上颚对鼻窦通道是开放的。这使得吃饭、吞咽、呼吸甚至说话都变得困难。
畸形足
这是图坦卡蒙的另一种疾病，也是乱伦影响儿童基因的又一个例子。内翻足描述了各种不同的足部畸形，但它通常是由连接脚和身体的肌腱太短，而不能让脚正常发育引起的。这些情况在出生时就存在，当然不仅仅是由乱伦造成的。然而，父母之间密切的遗传联系，会增加患这种疾病的风险。
白化病
白化病是指你的身体缺乏黑色素，而这种物质会导致你的头发、皮肤、嘴唇和身体其他部位产生本应该有的颜色。白化病患者往往有浅色的眼睛，苍白的皮肤和接近白色的头发，即使他们来自深色皮肤的遗传。
这种情况是一种常染色体隐性遗传疾病，意味着当有相似基因的人繁殖时，他们的孩子更有可能患病。表亲、兄弟姐妹和父母/子女的结合，更有可能表现出这种情况，而小型养殖池的情况就是证据。
例如，波多黎各有一小部分地区的人，很少有遗传多样性的条件，因此这里的白化病密度，是世界上最高的。
严重不对称
世代的近亲繁殖，会导致先天性的出生缺陷，包括严重的面部不对称。当你出生的时候，你的脸两边几乎是一样的（只是有一点不对称），包括你的耳朵，你的眼睛，你的鼻子和嘴巴。对于乱伦的后代，特别是经过几代乱伦之后，我们开始看到脸的两边看起来并不完全一样。眼睛可以更高或更低，大小也可能不同。耳朵可能不均匀，嘴巴可能出现倾斜现象。
侏儒症
侏儒症并不是在一代乱伦之后才出现的，但它与几代人的乱伦繁殖有关。18世纪，在宾夕法尼亚州有一个非常紧密的定居点叫作兰开斯特，他们通过近亲繁殖产生了很多后代。但很多年幼的孩子并不能茁壮成长，并经常出现不孕不育，最终他们看到了埃利斯·凡·克利维尔德病的出现。这种疾病与侏儒症，以及四肢发育迟缓和心脏问题有关。而这种疾病的最终出现，很可能是由于兰开斯特基因库缺乏多样性。
不孕不育
乱伦婚姻所生的孩子，并不总是可以生育的。而且在这种情况下，要么胎儿不能茁壮成长，要么孩子是死胎。然而，即使你通过乱伦成功生下一个孩子，不育也可能会遗传给你的后代。
而且后代精子和卵子的生存能力，都可能受到负面影响，或者生殖系统可能无法正常运作。从历史上看，这种不孕症给乱伦的皇室家族，带来了无尽的麻烦，尤其是考虑到皇室生育后代的重要性。
脊柱侧凸
这种遗传疾病是相当普遍的，不管是不是乱伦。脊柱侧弯发生在脊柱向背部一侧异常弯曲的时候。在严重的情况下，这可能会影响一个人走路和坐着舒适的能力，可能需要手术或多年的矫正支架来固定。令人惊讶的是，有2% -3%的美国人在16岁时患有脊柱侧凸，而专家也知道这种情况可以通过遗传进行传播。当发生乱伦时，即使父母双方都不表达该基因，但由于父母基因的相似性，他们的孩子也可能患有该疾病。正因为如此，乱伦使脊柱侧弯更有可能发生。
免疫系统紊乱
乱伦所生的孩子往往体弱多病。虽然这可能与骨骼、肌肉或器官的畸形有关，但一个主要因素是免疫系统的缺陷。在一个非乱伦配对的正常运作的免疫系统中，有很多不同的等位基因，可以对抗不同的疾病——等位基因的种类越多，你就能对抗越多的疾病。然而，当你近亲繁殖时，由此产生的免疫系统的独特等位基因要少得多，只能保护自己免受较少的疾病。而这种多样性的缺乏，使儿童更容易感染疾病。
我们可能还不完全了解身体，是如何将免疫力从父母传给孩子的，但从历史上看，乱伦显然没有任何帮助。因为我们的DNA，需要多样性来建立一个强大的免疫系统。
