关于上巳节的历史需要从上古时代说起，由于当时采用的是干支”纪日的方法来算日期的。所以将三月上旬的第一个巳日称为上巳。关于上巳这个词最早有文献记载是在汉初，《周礼》郑玄注：“岁时祓除，如今三月上巳如水上之类。”等到魏晋南北朝之后，将上巳节的节期改为农历三月初三，故称“重三”或“三月三”，一直流传到现在。
上巳节作为中国民间传统节日，每年的这一天都会在水边举行祭礼，被称为祓禊。据《后汉书·礼仪志上》记载：“是月上巳，官民皆絜于东流水上，曰洗濯祓除，去宿垢疢，为大絜”。
提到上巳节就不得不提到一个人，他就是五帝之首的轩辕黄帝，据说黄帝是在农历三月初三是诞生的。所以才有了“二月二，龙抬头；三月三,生轩辕”的说法。除此之外，在壮族传说中,三月三同样是壮族始祖布洛陀的诞辰日。上巳节因此成为我国汉族以及西南地区一些少数民族地区，一个非常隆重而盛大的节日。
这个节日开始于先秦时期，在魏晋时代得到快速发展，等到唐宋时期达到顶峰。后来在元明时期，开始演变成一个怀念古人的节日。后来慢慢跟寒食、清明合并混同起来，部分地区最后跟寒食、上巳一同并入清明，慢慢被不少地区的人给遗忘了。
上巳节从最开始被认可并发展起来的时候，有过非常多的节日活动，分别是祓禊、祭祀高禖、沐浴、修禊、羽觞、郊游、临水浮卵、射雁司蚕等，其中最重大的就是祭祀高禖。高禖又称郊禖是一种巫教活动，因为一直供于郊外而得名。当时的人们认为这是管理婚姻和生育之神，通过祭拜这个神灵能除灾避邪，健康生育的目的。
毕竟在当时那个年代，无论是科技还是教育水平都处于非常落后的状态。古人其实早已经知道如何孕育生命，但是在她们看来孩子都是由母亲孕育的，所以认为能不能生下孩子主要还是跟女性有关。由于不是每个妇女都能正常生育的，所以当时的人们认一些妇女不孕育其实就是鬼神作祟，这才有了上巳节祭祀高禖并沐浴治疗不育症的巫教活动。
