清德宗（爱新觉罗·载湉）光绪二十六年（公元1900年，农历庚子年），义和拳之乱爆发，清廷欲利用民间力量打击外洋，结果，引发各国联军入侵，慈禧太后（叶赫那拉氏）率光绪帝仓皇出逃到西安。
光绪二十七年七月二十五日（公元1901年9月7日），清廷与英（大不列颠与爱尔兰联合王国）、美（美利坚合众国）、法（法兰西第三共和国）、德（德意志帝国）、俄（俄罗斯帝国）、日（日本帝国）意（意大利王国）、奥（奥匈帝国）、西（西班牙王国）、荷（尼德兰王国）、比（比利时王国）十一国在京师签订近代赔款数目最庞大、主权丧失最严重的不平等条约——《辛丑条约》。
《辛丑条约》中，清廷必须承担的结果主要有：
1、赔款价息合计9.8亿两白银（详情为赔偿4.5亿两白银，分39年还清，本息共计约9.8亿两）；
2、在京师划定特定区域为使馆界，允许各国驻兵保护，不准中国人在界内居住；
3、保证严厉惩处对外国人不利的民众和官员；
4、拆毁天津大沽口到京师沿线设防的炮台，允许列强各国派驻兵驻扎京师到山海关铁路沿线要地。
《辛丑条约》的签订，以及这一时期一系列事件的发生，对清廷的打击很大。
两宫回銮之后，就连清廷的保守派都主动要求进行改革。
光绪二十七年（公元1901年），在慈禧太后的默许下，清廷开始改革。
其时，改革内容多与光绪二十四年（公元1898年）戊戌变法的内容相似，但是，从改革的力度与程度上来看，又比戊戌变法更广更深。
此番改革，仅就统治机构方面来看，其要点如下：
光绪二十七年（公元1901年），撤销总理各国事务衙门，改设外务部，“班列六部之首”。
光绪二十九年（公元1903年），设商部。
光绪三十一年（公元1905年），设巡警部。
同年，设学部，裁国子监。
清廷改革的初心，当然是为了强化管理，巩固统治。
可是，由于当时清廷积弊已深，改革在准备过程和具体实施中，都存在一些问题。结果，旧有各部依然存在、新设衙门开始运作，事权、职权多有不清晰、不明了的地方。于是，晚清的改革，就演成了新旧衙门之间的争权互斗。
下面，就依清人胡思敬《国闻备乘》卷三《新衙门争权》一节为据，说说当时的情况。
按照清廷原来的制度，京官签收录取、进入各部的途径，大约有四种：
一是进士，通过科举考试入职；
二是拔贡，经地方推荐贡举入职；
三是荫生，承袭余荫取得资格入职；
四是捐纳，凭借捐资纳粟入职。
如果不是通过以上四种途径，即便是枢机大臣，想要在京官中以其他手段安插一个人进去，一般情况下，也是办不到的。
承袭前明旧制，再经过二百多年的发展，到晚清时期，清廷各部的事务处理流程和方式，已经完全程序化、格式化。故而，所有需要进行的事务、开展的工作，都有制度可以依循，都有旧例可以参照。
在具体事务处理时，各部的尚书、侍郎如果想按照自己的意志办事而与成规旧例相违逆，那么，其所在各部的部曹、郎官是完全可以引用惯例来与上司争辩的。同样的道理，部曹、郎官在处理具体事务时，如果想要按照自己的意志行事而有所轻重、有所偏倚时，胥吏引用旧例来请说，部曹郎官也是不能强辩的。
京师各部处理地方事务不妥当时，即使是该事件已经奏闻主政者并请旨，封疆大臣也可以援引成例，拒不接受，进行申辩。
以上为旧制。
自从总理各国事务衙门改为外务部、设立商部、设立巡警部、设立学部之后，便开始出现了混乱的局面。
类似以上新部设立之后，用人和行政都没有成规往例可以参考。
这些新部，也就依着没有规矩可循，任意行事。
各个新部在提取款项时，移文之中，抒写所需的银两数目，动辄达数十百万两之巨；需要增加人员时，移文之中，指名奏调的人员数目，动辄至数十百人之多。
这种处事方式，打开了很多漏洞。
一些在其间奔走办事的小吏，通过拉拢关系、投机钻营，车马喧阗于王公大臣的门下。然后，这些小吏投王公大臣之所好、向王公大臣之所趋，结果往往是，好一点，小吏可以升擢为新部丞参【清末改革官制，内阁各部除陆军部与海军部外，各部尚书、侍郎之下置左右丞掌机密文书，综领部内事务，左右参议拟订并审议有关法令。左右丞与左右参议统称丞参。】；稍微差一点的，小吏也可以递补为新部的郎官。
因为以上这些做法，在新设各部之中，都是开先河之举，即使其间有很多的徇私徇情，其他官员也是没有办法引用成规旧例来对其进行驳责。
新设各部用人行政过程中，朝三暮四、此是彼非的状况不少；通过语言相会碾轧、借助权力相互倾覆的事件屡见；暗通关节后的收受贿赂有之，私相授受下的唯唯诺诺多有。
因为各部是新设，很多事情尚不明了，所以，也很难指斥其是在违规乱法。
新设各部之中，进入其间的那些官员，他们也是需要做事的。
既然要做事，那么，官场上的恶习，在他们做事的过程中，一样也不会少。就其外部而言，他们会以新部的名义去扰乱地方郡县；就其内部来说，他们当然也要攫取权力，与京师旧有六部相争。
废止科举，建立学堂，这些事情，原本是礼部管理的，这个时候，权力被新设的学部瓜分去了。
裁撤绿营，训练巡警，设立巡警署，其长官为四品厅丞，并掌管京师的刑名。此时的厅丞，权位与古代的廷尉一般。这样一来，原本属于兵部、刑部的权力，就被新设的巡警部瓜分去了。
关卡厘税在户部每年的收入中，占去了一大半。商部设立之后，认为这事属其管辖，所以，户部必须向其禀知。这样，户部的权力就被商部瓜分去了。
庚子之变中，外官当中，有很多人因为所谓的保护教堂不力，被弹劾罢官。后来，这些人慢慢又被吏部开复。外务部认为，这些官员的事情，曾经牵涉到外国人，所以，应当照会使馆，能不能开复他们，必须由外务部说了算。这又是外务部在与吏部瓜分权力。
光绪三十二年（公元1906年）改大理寺为大理院之后，法部【光绪三十二年（公元1906年）由刑部改称。】就变成无事可做的闲衙门了。为了分争权限，大理院与法部咨会往来之间，往往形同水火。
新旧各部权力瓜分时，清廷支离破碎的现象已经外露了。
到后来，巡警部又改成了民政部。
这个民政部，简直就是无所不能、无所不管。它可以自己署置官僚、如同吏部一般；它可以自己创办铺捐、车捐等，如同户部一般；它可以自己训练警兵，如同兵部一般；它可以自己开设学堂，如同学部一般；它可以把持讼狱，如同刑部一般；它可以整治街道、开辟马路，如同工部一般。不过，它所做的，很多也都是地方官衙该做事。自古以来，各有职分，从来就没有过如此这般，尚书亲自插手民事的。
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