这是一个有意思的问题，只要我们梳理一下思路，就很好理解了。
分析一下自来水与苹果吧
首先我们要统一部分数字，明确一些概念。首先是定量，假设自来水与苹果一次摄入的剂量都是100克，这100克水与苹果的表面存在等量的1亿个细菌。然后是找到污染源，自来水虽然经过了消毒，但是在我国目前的标准下还是无法做到直饮的，其中可能含有寄生虫卵或是细菌，特别是二次供水覆盖的用户，之前就出现过因管理不善，猫死在水箱中导致的二次污染事件。
再说说苹果吧，苹果的表面主要可能致人生病的成分是农药和细菌或寄生虫卵，后者大多来自人的接触，比如大便后没有吸收就去水果店翻苹果。不过我们要知道通常而言外表完整的苹果其内部是没有细菌的，所有的致病可能性都集中在表皮上。
现在让我们用自来水去冲洗这个苹果，会获得什么呢？
一枚用自来水好好洗过的苹果，可以假设水带走了其表面95%的细菌，那么还剩下500万个细菌，剩下的就只有表皮挂着的水了，假设为0.01克（千万不要以为1克水很少，你看看5毫升的风油精就知道有多少了，基本上1毫升1克），其中只有1000个细菌，所以你吃苹果时会摄入500.1万个细菌。
而如果你直接将100克自来水喝下去呢？恭喜你，直接摄入了1亿个细菌，二者差距20倍，而因自来水带来的细菌与自来水本身比呢？相差了10000倍，只有在苹果表面的细胞比0.01克自来水中的细菌还要少的时候，洗苹果才会反向污染，可见用自来水洗苹果是有百利而无一害的。
定量非常重要
当然有的朋友可能会说了，那你不还是吃了500万个细菌到肚子里去了？50步笑百步吗这是？
这就有必要强调下一个经典的概念，16世纪著名炼金术师帕拉塞尔苏斯的那句名言——剂量决定毒性。
人的口腔中都生存着大量细菌，每一克牙垢中都含有100亿个细菌，多数情况下这些细菌是伤不到你的，我们本就生活在一个充满细菌的世界中。而之前我们讨论的自来水与苹果中的细菌，前提是基于“有可能受到污染”的情况下，来自一些非常规的细菌，比如伤寒杆菌或霍乱弧菌的污染，它们经由粪便等方式传播，在卫生条件不佳的时代，一处水源的污染往往可以感染几十甚至上百人。
而细菌感染与核裂变的连锁反应现象一样，需要达到一定的量级才能在人体内暴发，如果数量很少和话，会在感染之前就被体内游离的白细胞消灭。想象中的“一枚细菌（病毒）潜入体内，韬光养晦，最后成功占领人体”的事情并不会发生。
这就是为什么自来水不能喝，但是自来水洗过的苹果可以直接吃的原因了。
说点题外话
之所以会有这样的疑惑，主要原因还是大家没有养成“定量思考”的思维模式，只有一个非常模糊的概念——吃了细菌就会生病。
当然现实世界根本不是这样，致病菌是什么，暴露者的免疫情况如何，有无感染史，摄入细菌的数量如何都对结果有着举足轻重的影响，在感染病学中这些都有着相当详细的指标（虽然我以上的也算不上定量，只是个非常粗浅的模拟分析而已）。
定量代替定性是现代科学的根基，是由伽利略主张的，使用数字为工具代替“感觉”的伟大革命，因此伽利略也被赞美为“现代科学家鼻祖”。
要知道解释世界有很多方法，我们可以用阴阳五行，也可以用神话传说来解释世界，只要编故事的能力强，补丁打得足够多，总能把故事说得圆。但是这些解释除了用以消解信徒的好奇心以外，没有任何实用价值。
而现代科学根本不需要用口舌来证明自己，因为科学可以转化为工程学，而工程学最大的威力就表现在军事上。英国在南美与祖鲁人交火阵亡人数1：10；西班牙殖民者仅用177人3把火枪和20只十字弩就正面袭击，在宫殿里活捉了拥有5000护卫的印加国王；甚至在一战时，只是因为一把马克沁机枪的代差，英法联军就在索姆河一日被单方面屠杀60000人！现代科学就是压倒性的力量，这是用鲜血堆出来的道理。
在科普文章的评论区，总有一些“大师”在下面发表着一些似是而非的“天道”见解，我想想，可能是因为这个时代过于太平，不记得大清在一百多年前被科学打爆，给中华民族带来的苦难史了。1860年3.3万大军在八里桥对上6000英国兵，被打出了个500：1的战损率，骑兵密集队形冲锋一波接一波地送死也改变不了命运……
我是酋知鱼，一条勤洗手的科学作者，欢迎关注。
