“焚书坑儒”常常被后世视为秦始皇的暴政之一，但是这两个历史事件本身就充满了争议，一方面，秦始皇并未将所有儒家经典尽毁（秦火及‘六籍’，不燔诸子。诸子尺书，文篇俱在，可观）；另一方面，秦始皇并非“坑儒”而是“坑术士”。那么，秦朝建立之后，儒家的境况到底如何呢？
我们先来看一下秦始皇“焚书坑儒”事件的始末：
焚书始末
《史记·秦始皇本纪》记载，秦始皇三十四年（公元前213年），“始皇置酒咸阳宫”并有博士七十人参加，在这场宴会上爆发了一场争论，其最初的焦点还是在于秦国到底应不应该废除分封制。
1、开端：起因是周青臣赞誉秦始皇“平定海内，放逐蛮夷，日月所照，莫不宾服”，这种丰功伟绩是任何古代帝王都无法企及的。
2、争议：但是博士淳于越却发表了异议，他认为皇帝自然是取得了空前的成就，但是“事不师古而能长久者，非所闻也”，所以，废分封设郡县是不明智的，学习商周的制度是必须的。秦始皇当即下令对淳于越的这种观点展开讨论，随后，丞相李斯发表了自己的观点，他认为即便三皇五帝之时的制度也不是一成不变的，所以我们现在没有必要学习商周的制度，因为“时变异也”。而战国之时战乱不断，诸侯各自为政，就是因为每个诸侯国都在用自己的一套理论来解释周礼，实在是“道古以害今，饰虚言以乱实”。所以，这种以古非今之事应当禁止，同时，李斯建议：
臣请史官非秦记皆烧之。非博士官所职，天下敢有藏诗、书、百家语者，悉诣守、尉杂烧之。有敢偶语诗书者弃市。以古非今者族。吏见知不举者与同罪。令下三十日不烧，黥为城旦。所不去者，医药卜筮种树之书。若欲有学法令，以吏为师。
结局：秦始皇同意了李斯的建议，开始在全天下范围内“焚书”。
坑儒始末
首先，“坑儒”的说法是西汉刘向第一次提出来的，《史记》中只提到了“焚诗书，坑术士”。其起因乃是秦始皇请方士寻求长生不老之药，但是侯生与卢生却对秦始皇的“天性刚戾自用”有意见，并且认为秦始皇“贪於权势至如此，未可为求仙药”，随后逃亡而去，秦始皇因此而震怒。
於是使御史悉案问诸生，诸生传相告引，乃自除犯禁者四百六十馀人，皆阬之咸阳，使天下知之，以惩後。益发谪徙边。
而秦始皇长子公子扶苏因为替“诵法孔子”的“诸生”求情而被牵连，秦始皇命他“北监蒙恬於上郡”。
其次，我们来看“焚书坑儒”事件之后儒家在秦朝的地位：
秦始皇并非完全抛弃儒家不用
虽然秦始皇曾经表达过对儒家的憎恶，并且在三十四年发生了“焚书坑儒”事件，但是即便如此，秦始皇也并非完全抛弃儒家不用。柏杨先生在《中国人史纲》中就写到：“赢政大帝虽然焚毁儒书，目的只在限制崇古思想的传播，对儒家学者，仍继续保留他们的职位，而且继续鼓励他们研究”。秦始皇三十六年，东郡出现了刻有“始皇帝死而地分”七字的陨石，秦始皇在销毁陨石之后依然闷闷不乐，于是他“博士为仙真人诗，及行所游天下，传令乐人歌弦之”，试图消除陨石事件带来的负面影响，而这里的博士，就是儒士。这就是“焚书坑儒”事件后秦始皇继续任用儒家的例证之一。
秦二世继续任用儒家
陈胜起义如火如荼之际，秦二世曾经“召博士诸儒生”三十余人询问对策，其中就有后来“作汉礼仪”的叔孙通。秦二世因对叔孙通的意见很满意而“赐叔孙通帛二十匹，衣一袭，拜为博士”，由此可见，秦二世之时，儒家在朝廷中依然有着重要的地位。
秦朝灭亡至汉朝建立之时，儒家仍在继续发展
秦始皇下令“使御史悉案问诸生”之时，公子扶苏曾经谏言：“天下初定，远方黔首未集，诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安。唯上察之。”这也就直接反应了秦始皇时期儒家学说曾经收到广泛的欢迎。
除了秦始皇和秦二世曾经亲自任用儒生之外，秦朝灭亡至汉朝建立的这段战乱时期，儒家依然在继续发展。比如，项羽死后鲁国拒绝投降刘邦，当刘邦命大军出征试图以武力征服鲁国之时，面对的却是“鲁中诸儒尚讲诵习礼乐，弦歌之音不绝”的场景。鲁国的这种情况也可以从侧面证明，“诸生皆诵法孔子”的现象从秦始皇时期到秦朝灭亡之后基本上没有太大改变，即秦始皇对儒家的打压并没有起到太大的作用，或者秦始皇对儒家的打压力度其实并不大。
其实，早在秦孝公时期，商鞅便提出了“礼乐、诗书、修善孝弟、诚信贞廉、仁义、非兵羞战”为危害国家的“六虱”。同时，商鞅提出了焚烧诗书、抑制儒学的政策。也就是说，“焚书”之事并非秦始皇所首创，而秦始皇虽然不太喜欢儒家，但是也并非完全抛弃儒家，儒家在秦始皇、秦二世一直到楚汉争霸时期都没有因为秦始皇的“焚书坑儒”而阻碍其蓬勃发展的大趋势。
